O Consórcio Intermunicipal Lagos São João é um divisor de águas na política ambiental do Estado do Rio. A entidade foi criada em 1999 com a missão de promover políticas públicas de forma compartilhada entre o Governo do Estado e os 13 municípios consorciados. Além disso, desde 2012, o atua como parte do Sistema Estadual de Gestão dos Recursos Hídricos, no papel de Entidade Delegatária, com funções de agência de água, atendendo ao Comitê de Bacia Hidrográfica Lagos São João e ao Comitê de Bacia Hidrográfica dos Rios Macaé e das Ostras.