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A divisão do território brasileiro em Bacias Hidrográficas foi proposta pelo Departamento Nacional de Águas e Energia Elétrica (DNAEE), em fevereiro de 1972, com a finalidade de ampliar e melhorar a oferta de dados aos usuários, e implementar um sistema de informações capaz de processar os dados com eficiência e em tempo hábil, que utilizasse métodos lógicos e modernos.
A Hidrográfica Nacional, instituída pelo Conselho Nacional de Recursos Hídricos (CNRH), estabelece as doze Regiões Hidrográficas brasileiras, através da Resolução nº 32/2003. As unidades hidrográficas foram propostas pelo Plano Nacional de Recursos Hídricos (PNRH), aprovado pela Resolução CNRH nº 58/2006. Mais informações sobre as Regiões Hidrográficas Brasileiras podem ser obtidas aqui.
São Regiões Hidrográficas: bacias, grupo de bacias ou sub-bacias hidrográficas próximas, com características naturais, socais e econômicas similares. Esse critério de divisão das regiões visa orientar o planejamento e gerenciamento dos recursos hídricos em todo o país.
De acordo com a classificação brasileira, a área de atuação do Comitê de Bacia Hidrográfica Lagos São João integra a Região Hidrográfica do Atlântico Sudeste, conforme mapa abaixo:
Unidades Hidrográficas da Bacia Hidrográfica Atlântico Sudeste e principais cidades (Fonte: Agência Nacional das Águas – ANA).
No território do Estado do Rio de Janeiro foi dividido em nove Regiões Hidrográficas (RHs), homologadas pelo Conselho Estadual de Recursos Hídricos (CERHI-RJ), cujo mapa pode ser acessado aqui.
As águas interiores, sob a forma de rios e lagoas, são a marca da área onde o CBHLSJ atua, que é conhecida em grande parte como “Região dos Lagos”, trata-se da Região Hidrográfica VI do Estado do Rio de Janeiro – Lagos São João. Nessa RH, destaca-se a lagoa de Araruama, que é o maior corpo de água costeiro hipersalino em estado permanente do mundo. Abaixo, estão apresentadas as quatro bacias hidrográficas que formam a RH VI:
| Bacia Hidrográfica (BH) | Abrangência | Área (km2) | Municípios |
| BH das Lagoas de Saquarema, Jaconé e Jacarepiá. | Reúne as bacias das lagoas de Saquarema, Jaconé e Jacarepiá e a área de restinga entre as lagoas e o mar. | 287,4 | Saquarema e Maricá |
| BH da Lagoa de Araruama e do Cabo Frio | Reúne a bacia da lagoa de Araruama, as restingas de Massambaba e Cabo Frio e o acidente geográfico chamado de Cabo Frio | 656,2 | Araruama, Arraial do Cabo, Cabo Frio, Iguaba Grande, São Pedro da Aldeia, Saquarema e Rio Bonito. |
| RH do Rio Una e do Cabo de Búzios | Reúne a bacia do rio Una, o Cabo de Búzios e as terras a retaguarda das praias do Peró. | 530,4 | Cabo Frio, Iguaba Grande, São Pedro da Aldeia, Araruama e Armação dos Búzios |
| RH do Rio São João e Represa de Juturnaíba | Reúne o rio São João e seus afluentes. | 2143,2 | Cachoeiras de Macacu, Rio Bonito, Casimiro de Abreu, Araruama, São Pedro da Aldeia, Cabo Frio, Rio das Ostras e Silva Jardim. |
| ÁREA TOTAL: | 3617,2 km2 |
Mais informações sobre as bacias hidrográficas podem ser obtidas aqui
Sua hidrografia pode ser observada no mapa a seguir:
Contam-se mais de uma centena de rios, riachos e córregos perenes e intermitentes. Os principais são:
· Os rios São João, Bacaxá e Capivari;
· Afluentes do rio São João, como os rios Aldeia Velha, Dourado, Bananeiras, Pirineus, Maratuã, Indaiaçu, Lontra, Valas do Consórcio e Jacaré.
· Afluentes dos rios Bacaxá e Capivari, como os rios do Ouro, Vermelho, Catimbau Grande, Boa Esperança, Jaguaripe, Piripiri e das Onças.
· O rio Una, seu formador, o rio Godinho e seus afluentes – os rios Papicu e Frecheiras;
· O rio das Ostras e seus formadores – rios Iriri e Jundiá;
· Os rios das Moças e Mataruna que deságuam na lagoa de Araruama;
· Os rios Roncador ou Mato Grosso, Tingui, Mole, Jundiá, Seco, Padre e Bacaxá, que alimentam a lagoa de Saquarema;
O Censo preliminar realizado pelo CILSJ revelou a existência de 38 lagoas, sendo uma extinta – a lagoa de Juturnaíba, que hoje é uma represa.
Lagoas da Região do Consórcio
| N | Lagoa | Município(s) |
| 1 | Lagoa de Jaconé | Maricá e Saquarema |
| 2 | Ecossistema Lagunar de Saquarema (Lagoas de Urussanga ou Mombaça, Jardim, Boqueirão e de Fora ou Saquarema) | Saquarema |
| 3 | Lagoa das Marrecas | Saquarema |
| 4 | Lagoa Nova | Saquarema |
| 5 | Lagoa do brejo do Mutum | Saquarema |
| 6 | Lagoa de Jacarepiá | Saquarema |
| 7 | Lagoa de Ipitangas | Saquarema |
| 8 | Lagoa de Jaconé Pequena | Saquarema |
| 9 | Lagoa Vermelha | Saquarema e Araruama |
| 10 | Lagoa de Araruama | Saquarema, Araruama, Iguaba Grande, São Pedro da Aldeia, Arraial do Cabo e Cabo Frio |
| 11 | Lagoa Pitanguinha | Araruama |
| 12 | Lagoa Pernambuca | Araruama |
| 13 | Lagoas dos Brejos do Pau-Fincado, Espinho, Grande e Mosquito | Arraial do Cabo (Restinga de Massambaba) |
| 14 | Lagoa Azul | Arraial do Cabo (Restinga de Massambaba) |
| 15 | Lagoa da Prainha ou Verde | Arraial do Cabo |
| 16 | Lagoa de Beber | Arraial do Cabo |
| 17 | Lagoa Barra Nova | Arraial do Cabo |
| 18 | Lagoa do Meio | Cabo Frio |
| 19 | Lagoa Rasa | Cabo Frio |
| 20 | Lagoa Última | Cabo Frio |
| 21 | Lagoas da Duna Dama Branca | Cabo Frio |
| 22 | Lagoa do Peró | Cabo Frio |
| 23 | Lagoa da Praia de Caravelas | Armação dos Búzios |
| 24 | Lagoa do Canto | Armação dos Búzios |
| 25 | Lagoa da Ferradura | Armação dos Búzios |
| 26 | Lagoa de Geribá | Armação dos Búzios |
| 27 | Lagoa dos Ossos ou da Usina | Armação dos Búzios |
| 28 | Lagoa do Brejo da Helena | Armação dos Búzios |
| 29 | Lagoa do Brejo do Vinvím | Armação dos Búzios |
| 30 | Lagoa do Brejo de Tucuns | Armação dos Búzios |
| 31 | Lagoa do Brejo da Rasa | Armação dos Búzios |
| 32 | Lagoa do Brejo da Fazendinha | Armação dos Búzios |
| 33 | Lagoas dos Brejos do rio Una | Cabo Frio e Armação dos Búzios |
| 34 | Lagoa de Juturnaíba | Silva Jardim |
| 35 | Lagoa de Ipuca | Casemiro de Abreu |
Fonte: CILSJ – Censo Preliminar das Lagoas – 2003
Via de regra, as lagoas são ecossistemas rasos que apresentam grandes diferenças quanto as suas características físicas, químicas e biológicas.
No rio São João encontra-se a represa de Juturnaíba que é a principal fonte de água para abastecimento humano. Quando cheia, o nível da água da represa atinge a cota de 8,4m acima do nível do mar. Nesta situação, a superfície da represa é de 43 km2, perímetro de 85 km, largura máxima de 4,0 km e comprimento máximo de 15 km. A profundidade máxima atinge 8,0m, enquanto que a média é de 2,3m. A represa tem capacidade de acumular um volume de 10 milhões de m3, sendo o tempo de residência da água (detenção hidráulica) estimado em 38 dias pela FEEMA.
Contam-se ainda dezenas de açudes, todos de pequeno tamanho, utilizados principalmente para dessedentação do gado e para irrigação.
