A cobertura vegetal nativa atual compreende:

• Pequena área de campo de altitude nas cercanias da Pedra do Faraó;
• Manchas de variados tamanhos de florestas do bioma da Mata Atlântica, principalmente nas montanhas e serras de Silva Jardim, Rio Bonito, Casemiro de Abreu e Saquarema. Remanescentes de matas com pau-brasil em Armação dos Búzios e Cabo Frio. Nossa região é florestal por excelência.
• Vegetação de restinga, em especial nos arredores de Jaconé, na restinga de Massambaba e de Cabo Frio e em Itapebussus. A melhor mata de restinga encontra-se em propriedade da Base Aeronaval de São Pedro da Aldeia.
• Um tipo peculiar chamado de “savana estépica”, que ocorre nos morros costeiros de São Pedro de Aldeia, Cabo Frio, Arraial do Cabo e Armação dos Búzios, cuja característica principal é a grande quantidade de cactus que atingem até 4 m de altura;
• Manguezais na foz dos rios São João e das Ostras e ainda em alguns trechos das margens das lagoas de Araruama e Saquarema;
• Brejos espalhados por toda a região;

Estima-se a existência de mais de seis centenas de espécies de árvores e arbustos nativos e mais de três mil espécies de outras plantas como palmeiras, cipós, trepadeiras, bromélias, cactus, orquídeas e uma infinidade de ervas, além de outro punhado de espécies de algas, liquens musgos e samambaias. O Departamento de Botânica do Instituto Smithsonian, de Washington, elegeu a “região de Cabo Frio”, com limites assinalados na figura abaixo, como um dos centros de diversidade de plantas mais importantes da América do Sul.

Segundo biólogos especialistas da FEEMA, do Jardim Botânico e a UFRJ, a flora deste centro, que cobre parte da área do Consórcio, deve possuir entre 1500 e 2200 espécies. Cerca de 26 espécies de plantas são exclusivas de nossa região, ou seja, só nela vivem e em nenhum outro local no mundo, aí incluídas 6 árvores (Chrysophyllum januariensis, Duguetia rhizantha, Erythroxylum glazioui, Marlierea schottii, Rollinia parviflora e Swartzia glazioviana).