O Comitê da Bacia Hidrográfica do Rio São João, foi instituído pelo Decreto nº 36.722 de 08 de dezembro de 2004. Comitê Compreende as Bacias Hidrográficas das Lagoas de Araruama, Saquarema e dos Rios São João, Una e Ostras, integrante do sistema Estadual de Recursos Hídricos.