O Comitê de Bacia Hidrográfica Lagos São João (CBHLSJ) possui 04 (quatro) Subcomitês, um para cada sub-região hidrográfica definida para melhor desempenho de suas atribuições. São elas:

I. Subcomitê da Bacia Hidrográfica da Lagoa de Araruama;
II. Subcomitê da Bacia Hidrográfica do Rio Una e Cabo Búzios;
II. Subcomitê da Bacia Hidrográfica da Lagoa de Saquarema;
III. Subcomitê da Bacia Hidrográfica do Rio São João.

Os Subcomitês foram criados pela Plenária do CBHLSJ por meio da Resolução CBHLSJ nº 45/2011, e atualizados pela Resolução CBHLSJ nº 76/2018. A delimitação de suas Bacias Hidrográficas pode ser observada no mapa abaixo:
Cada Subcomitê é composto pelas entidades do Poder Público, Usuários ou Sociedade Civil membros do COMITÊ que tenham sede ou atuação comprovada nos municípios que compõem a sua respectiva sub-bacia e é dirigido por um Diretor eleito pela Plenária.
Os Subcomitês são colegiados encarregados de deliberar e encaminhar à Plenária do CBHLSJ, assuntos de competência de suas Bacias Hidrográficas. Suas reuniões ordinárias são convocadas pela Entidade Delegatária com, no mínimo, 10 dias de antecedência, com frequência mínima trimestral. No caso das extraordinárias, o prazo é de 5 dias corridos.
Os relatórios das reuniões dos subcomitês da Região Hidrográfica Lagos São João podem ser acessados aqui.