No dia 08 de dezembro de 2004 através do decreto nº 36.722 foi instituído o Comitê das Bacias Hidrográficas das Lagoas de Araruama, Saquarema e dos Rios São João, Una e Ostras no âmbito do Sistema Estadual de Gerenciamento de Recursos Hidrícos.

CBH Lagos São João foi criado para atender a necessidade de se instituir um organismo de bacia, com participação do poder público, usuários de água e da sociedade civil organizada, visando o aproveitamento sustentado dos recursos naturais, e recuperação ambiental e a geração de emprego a renda para defender, conservar os corpos hídricos e os aspectos de quantidade e qualidade das águas, bem como participar da discussão dos critérios de cobrança pelo uso das águas.