Em seu regimento interno, o Comitê de Bacias Lagos São João, segundo artigo 34, capítulo V, pode criar Sub-Comitês para melhor desempenho de suas atribuições nas sub-bacias.
Desta forma, os Sub-Comitês foram criados pelo Plenário do Comitê por meio da Resolução 01/2005, que cria os sub-comitês bacias hidrográficas. A bacia hidrográfica Lagos São João divide-se em 4 (quatro) sub-bacias, sendo elas a do Rio São João, da Lagoa de Araruama, da Lagoa de Saquarema, do Rio Una e do cabo Búzios. Porém, na Resolução 01/2005, foram instituídos 3 (três) sub-comitês para facilitar a gestão do território tão diverso da bacia hidrográfica, sendo eles:
I. Sub- Comitê das Bacias Hidrográficas da Lagoa de Araruama e Rio Una;
II. Sub-Comitê da Bacia Hidrográfica da Lagoa de Saquarema;
III. Sub-Comitê da Bacia Hidrográfica do Rio São João.

As reuniões dos sub-comitês são convocadas pela Entidade Delegatária do Comitê com, no mínimo, 15 dias de antecedência. Os sub-comitês devem se reunir ordinariamente no mínimo trimestralmente, e extraordinariamente por convocação específica. Os Sub-Comitês são colegiados encarregados de deliberar e encaminhar ao Plenário do Comitê Lagos São João, assuntos de competência de suas Bacias Hidrográficas.
Os Sub-Comitês são constituídos por membros representantes titulares ou por suplentes e ainda por profissionais por estes indicados formalmente junto à Entidade Delegatária do Comitê, os quais tem direito a voz e a voto exclusivamente no âmbito do sub-comitê, e devem ter sua indicação referendada pelo Comitê Lagos São João.
Os Sub-Comitês são compostos da seguinte forma: 1/3 poder público, 1/3 usuários e 1/3 sociedade civil. Até o presente momento os Sub-Comitês estão compostos da seguinte forma: 8 (oito) membros de cada setor no sub-comitê da Lagoa de Araruama, 6 (seis) membros de cada setor no sub-comitê da Lagoa de Saquarema e 11 (onze) membros de cada setor no sub-comitê do Rio São João.
Acompanhe aqui as Atas das reuniões de cada sub-comitê.
Sub-Comitê das Bacias Hidrográficas da Lagoa de Araruama e Rio Una
ATA da 10ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 08/04/10
ATA da 9ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 16/02/09
ATA da 8ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 10/09/08
ATA da 7ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 29/02/08
ATA da 6ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 15/06/07
ATA da 5ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 17/07/06
ATA da 4ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 10/03/06
ATA da 3ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 08/11/05
ATA da 2ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 06/05/05
ATA da 1ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH da Lagoa de Araruama e Rio Una – 04/04/05
Sub-Comitê da Bacia Hidrográfica da Lagoa de Saquarema
ATA da 9ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 29/04/11
ATA da 8ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 15/04/10
ATA da Assembleia Geral Extraordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 19/06/09
ATA da 7ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 13/03/09
ATA da Assembleia Geral Extraordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 31/10/08
ATA da 6ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 29/08/08
ATA da 5ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 22/02/08
ATA da 4ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 24/08/07
ATA da 3ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 10/07/06
ATA da 2ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 17/02/06
ATA da 1ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH Lagoa de Saquarema – 12/04/05
Sub-Comitê da Bacia Hidrográfica do Rio São João
ATA da 10ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH do Rio São João – 19/04/10
ATA da 9ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH do Rio São João e 2ª Reunião de 2008 do CONAPA São João – 16/09/08
ATA da 8ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH do Rio São João e 1ª Reunião de 2008 do CONAPA São João – 28/02/08
ATA da 7ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH do Rio São João – 14/02/08
ATA da 6ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH do Rio São João e 3ª Reunião de 2007 do CONAPA São João – 13/12/07
ATA da 5ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê da BH do Rio São João – 22/06/07
ATA da 4ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH do Rio São João e das Ostras – 23/08/06
ATA da 3ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH do Rio São João e das Ostras – 17/03/06
ATA da 2ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH do Rio São João e das Ostras – 04/11/05
ATA da 1ª Assembleia Geral Ordinária do Sub-comitê das BH do Rio São João e das Ostras – 23/03/05